بعد از آنکه در مقدمه، تعریف و موضوع و غایت فلسفه ذکر شد. اینک وارد اصل مسائل فلسفی می‌شویم.
اولین مسأله این است که آیا وجود که یک لفظ معنا دار است، معنایش بدیهی است یا کسبی و نظری می‌باشد. همان گونه که در منطق آمده است مفاهیم و معانی بر دو قسم اند همان طور که قضایا و تصدیقات نیز بر دو قسم تقسیم شوند. بدین گونه که تصور و تصدیق هر کدام به بدیهی و نظری تقسیم می‌شود.
مفهوم و تصور بدیهی معنایی است که بدون نیاز به اینکه معنای دیگری معرِّف آن واقع شود خودش برای ذهن شناخته شده است.
مفهوم نظری و کسبی آن است که باید از راه تأمل و واسطه قرار دادن یک مفهوم دیگر آن را کسب کرد. یعنی باید فکر کرد و آن را فهمید. ابتدا انسان باید به سراغ مفاهیمی رود که با آن آشنا است و آنها را واسطه کند تا این مفهوم نظری را متوجه شود.
نکته ي ديگر این است که نمی‌شود همه‌ی مفاهیم نظری باشند. اگر چنین بود دیگر هیچ مفهومی که فهمیده شده باشد و ما با آن آشنا باشیم وجود نمی‌داشت. زیرا اگر مفهوم الف یا مفهوم اولی که با او برخورد می‌کنیم نظری بود به این معنا که خودش به مفهوم دیگری احتیاج داشت تا واسطه شود آن مفهوم فهمیده شود (مانند مفهوم انسان که به مفهوم حیوان و ناطق احتیاج دارد) در این حال مفهوم دوم که واسطه است اگر نظری باشد خودش به مفهوم سومی احتیاج دارد و هکذا و این مستلزم دور و یا تسلسل است. چاره‌ای نیست مگر اینکه بالاخره یک مفهوم بدیهی وجود داشته باشد. تسلسل به این گونه است که این سلسله تا بی‌نهایت ادامه یابد و دور به این گونه است که برای شناخت مفهوم نظری اول به مفهوم نظری دوم مراجعه کنیم و برای شناخت مفهوم نظری دوم به سراغ مفهوم نظری اول بیاییم. که هر دو باطل است.
نتیجه اینکه اگر همه‌ی مفاهیم نظری بودند ما همواره می‌بایست در یک دایره از جهل باقی بمانیم و هرگز چیزی برای ما واضح نشود.
بنا بر این ذهن باید به یک سری مفاهیم بدیهی مجهز باشد؛ مفاهیمی که نیاز نداشته باشد مفاهیم دیگری واسطه شوند تا معنای آنها برای انسان واضح شود.
با اين بيان به سراغ مفهوم وجود می‌آییم و می‌گوییم: اولین مفهومی که برای انسان بالبداهه درک می‌شود مفهوم هستی و وجود است. اینکه آن شیء هست و آن شیء نیست چیزی است که از همان اوائل کودکی برای انسان به شکل بدیهی پدیدار می‌شود.
این مفهوم عمومی‌ترین و شناخته شده‌ترین مفهوم است زیرا وجود، هر نوع هستی را شامل می‌شود. بنا بر این مفهوم وجود نه تنها بدیهی است حتی محال است برای آن بتوان معرّف آورد زیرا:
اولا: در منطق آمده است که معرِّف باید اجلی و روشن‌تر از معرَّف باشد و فرض این است که وجود از معروف‌ترین معاریف است در نتیجه معرِّف هم ندارد.
ثانيا: در منطق آمده است که معرِّف ترکیبی از جنس و فصل، یا از جنس و خاصه است و یا از فصل تنها یا خاصه‌ی تنها تشکیل می‌شود.
تعریف هم گاه حدی است و گاه رسمی.
اگر در تعریف جنس قریب و فصل قریب باشد به آن حد تام و الا حد ناقص می‌گویند. مثلا اگر در تعریف فقط فصل باشد به آن حد ناقص می‌گویند.
هکذا اگر در تعریف از خاصه استفاده شده باشد به آن رسم می‌گویند.
به هر حال یکی از این امور باید در تعریف وجود داشته باشد تا آن شیء بتواند معرِّف واقع شود. این در حالی است که بعدا می‌گوییم: وجود، هیچ یک از این امور را ندارد نه جنس دارد نه فصل و نه خاصه. بنا بر این معرِّف نه به شکل حدی و نه به شکل رسمی برای او قابل تصور نیست.
ان قلت: چرا بعضی وجود را تعریف کرده‌اند. مثلا متکلمین می‌گویند: الوجود یا الموجود بما هو موجود هو الثابت العین. (یعنی چیزی که ذات و حقیقت و واقعیتش ثبوت دارد یعنی هست) یا بعضی گفته‌اند: الوجود هو الذی یمکن ان یخبر عنه (یعنی چیزی است که می‌توان از آن گزارش داد. زیرا وقتی چیزی معدوم است نمی‌توان در موردش گفت سفید است یا سیاه و مانند آن.)
قلت: مراد ما این است که نمی‌توان از وجود، تعریف حقیقی ارائه کرد و الا همان طور که در منطق آمده است تعریف گاه حقیقی است و گاه لفظی. تعاریف فوق لفظی است نه حقیقی. تعریف حقیقی عبارت است از حقیقت و ماهیت شیء و چیزهایی که مقوّم شیء است که شناساننده‌ی شیء می‌باشد. مثلا در تعریف انسان می‌گوییم: جسم حساس متحرک بالارادة ناطق. قوام انسان به این مفاهیم است و آن مفاهیم جنس و فصل انسان است و در نتیجه انسان با آنها تعریف می‌شود. ولی اگر گفتیم: اللیث هو الاسد و مانند اهل لغت لفظی را به لفظ دیگر تبدیل کنیم ما در واقع یک تعریف لفظی یا شرح الاسمی ارائه داده‌ایم.
در مورد وجود هم همین قاعده جاری می‌شود که صرفا یکی از آثار و لوازم آن را بیان می‌کنند و حقیقت وجود در این تعاریف منعکس نمی‌شود.

مرحوم علامه می‌فرماید:

المرحلة الأولى في كليات مباحث الوجود وفيها اثنا عشر فصلا
الفصل الأول في بداهة مفهوم الوجود مفهوم الوجود بديهي معقول بنفس ذاته، لا يحتاج فيه إلى توسيط شئ آخر، فلا معرف له من حد أو رسم،

یعنی مفهوم وجود بدیهی است به این معنا که تصور می‌شود و به خودی خود به ذهن می‌آید و احتیاج ندارد که شیء دیگری واسطه شود تا معنای آن را متوجه شویم. بنا بر این معِّرف چه از نوع حد باشد یا رسم برای آن وجود ندارد زیرا:

لوجوب كون المعرف أجلى وأظهر من المعرف. فما أورد في تعريفه - من أن: «الوجود، أو الموجود بما هو موجود، هو الثابت العين» أو «الذي يمكن أن يخبر عنه» - من قبيل شرح الاسم، دون المعرف الحقيقي.

اولا معرِّف باید روشن‌تر و واضح‌تر از معرَّف باشد و حال آنکه تعریفی روشن‌تر از وجود، وجود ندارد. بنا بر این تعریف‌هایی که از وجود ارائه می‌شود مانند اینکه می‌گویند: وجود عینی است ثابت یا چیزی است که می‌توان از آن خبر داد همه از قبیل تعاریف شرح الاسمی هستند و تعریف حقیقی به حساب نمی‌آیند. اینها همه از قبیل لوازم وجود است که بعضی در صدد هستند لوازم روشن‌تر وجود را در توضیح آن بیان کنند.

على أنه سيجئ أن الوجود لا جنس له ولا فصل له ولا خاصة له بمعنى إحدى الكليات الخمس، والمعرف يتركب منها، فلا معرف للوجود.

دلیل دوم این است که بعدا می‌گوییم: وجود نه جنس دارد و نه فصل و نه خاصه.
بعد مرحوم علامه تذکر می‌دهد که مراد این است که وجود یکی از کلیات خمس یعنی چیزهایی که در تعریف واقع می‌شوند را ندارد نه اینکه هیچ ویژگی ای ندارد زیرا کتاب فلسفه در مورد ویژگی‌ها و احوال وجود بما هو وجود بحث می‌کند.
به هر حال معِّرف چون از یکی از کلیات خمس تشکیل می‌شود و وجود، آنها را ندارد پس هیچ معرِّفی ندارد.

فصل دوم: شکی نیست که کلمه‌ی وجود یا موجود را در موارد مختلفی به کار می‌بریم. مثلا می‌گوییم: زید موجود است، آسمان موجود است و حتی خداوند موجود است. در این موارد وجود، محمول موضوعات مختلفی قرار می‌گیرد. نتیجه اینکه وجود معنای مشترک دارد و یک معنای شخصی و جزئی ندارد که مخصوص آن باشد و قابل انطباق بر کثیرین نباشد.
حال بحث در این است که این وجود که مشترک است از چه نوع اشتراکی بهره می‌برد. اشتراک آن لفظی است یا معنوی.
اشتراک معنوی آن است که معنای لفظ هرچند بین افراد و موارد مختلفی مشترک است ولی اصل معنا تفاوت نکند و در همه‌ی موارد به یک معنا باشد. (بر این اساس تمامی کلیات مانند انسان مشترک معنوی اند یعنی به همان معنا که می‌گوییم: زید انسان است به همان معنا می‌گوییم: بکر انسان است و هکذا.)
مشترک لفظی آن است که بر موارد مختلف اطلاق می‌شود ولی در هر مورد به یک معنای خاصی اطلاق می‌شود که آن معنا در مورد دیگر ملاحظه نشده است. مثلا به شیر درنده اشاره می‌کنیم و می‌گوییم: این شیر است. همین لفظ به شیری که در ظرف است اطلاق می‌شود و می‌توان به آن اشاره کرد و گفت: این شیر است. همچنین است در مورد شیر آب که می‌گوییم: این شیر است.
در قبلی معنا، مشترک بود ولی در این مورد فقط لفظ، مشترک است ولی معنا متفاوت می‌باشد. بر این اساس می‌گویند که چون معانی متباین است، وضع هم در آن متفاوت می‌باشد چرا که نمی‌توان همه را در یک لحظه وضع کرد. بر خلاف مشترک معنوی که به یک وضع بیشتر احتیاج ندارد. مثلا انسان را بر حیوان ناطق وضع می‌کنند ولی این معنا این قابلیت را دارد که بر افراد مختلف تطبیق پیدا کند.
با توجه به اين مقدمه به سراغ وجود می‌رویم.
در مورد وجود سه قول وجود دارد:
قول اول: وجود مشترک معنوی است یعنی معنای وجود یکی بیشتر نیست.
قول دوم: وجود مشترک لفظی است یعنی در هر موردی به یک معنا است. بنا بر این به اندازه‌ی موجودات، معنا وجود دارد. به عبارت دیگر در همه‌ی موارد محمول، به معنای همان موضوع است یعنی وقتی می‌گوییم: انسان موجود است، موجود به معنای انسان است بنا بر این انسان موجود است یعنی انسان انسان است و فقط لفظ آن تغییر یافته است همان طور که می‌گویید: لیث اسد است. بنا بر این وقتی وجود محمول واقع می‌شود این در واقع حمل شیء بر خودش است (حمل اولی) بنا بر این قول وجود، مشترک لفظی بین میلیاردها معنا است.
قول سوم: وجود فقط دو معنا دارد یکی در مورد خداوند و دیگری در مورد غیر خداوند از موجودات. این قائل هم به اشتراک لفظی اعتقاد دارد ولی مشترکی لفظی که دو معنا بیشتر ندارد.
علامه قائل است که حق همان قول اول است.
دلیل بر اینکه همه بر یک معنا است سه چیز است:
دليل اول: واجب را به اقسام مختلفی تقسیم می‌کنیم و می‌گوییم: وجود یا واجب است یا ممکن. ممکن هم یا جوهر است و یا عرض. عرض هم یا کم است یا کیف و هکذا.
تقسیم، دلیل بر این است که مقسَم یک معنای مشترکی دارد که وقتی قیود خاصی به آن اضافه می‌شود اقسام مختلفی از آن پدیدار می‌شود مانند اینکه انسان را به سفید پوست و سیاه پوست تقسیم می‌کنیم که علامت آن است که حقیقت انسان در همه مشترک است و بعد با قید سیاه و سفید پوست به اقسام مختلفی تقسیم می‌شود و الا اگر یک لفظ که چند معنا داشت را می‌خواستیم تقسیم کنیم تقسیم صحیحی ارائه نمی‌شد بلکه فقط معانی مختلف آن را می‌بایست ذکر می‌کردیم که به آن تقسیم نمی‌گویند.
دليل دوم: اگر چیزی اصل وجودش برای ما ثابت شد مثلا از دور چیزی مانند سیاهی که ایستاده است و یک متر طول دارد را دیدیم و احتمال دهیم ستونی باشد، انسانی باشد و یا چیزهایی دیگر. از دور به وجود آن یقین داریم و می‌دانیم چیزی در آن دور هست ولی در حقیقت آن شک داریم. همین دلیل بر آن است که وجود، یک حقیقت مشترک دارد زیرا هرچند در چیزی که وجود بر آن حمل شده شک داریم ولی با این حال همه را موجود می‌پنداریم. اگر قرار بود که وجود در مورد ستون به یک معنا باشد و در مورد انسان به معنای دیگری. اگر در ستون شک داشتیم در واقع در وجودی که بر ستون حمل می‌شود هم باید شک داشته باشیم هکذا در مورد انسان. قهرا دیگر یقین به وجود حاصل نمی‌شد زیرا وجود به یکی از آن معانی و احتمالات حاصل شده بود و وقتی نمی‌دانم انسان است یا ستون پس هم در وجود انسان شک دارم هم در وجود ستون پس در اصل وجود که مشترک بین آن دو است شک دارم. این در حالی است که بالبداهة در اصل اینکه در آن دور، چیزی موجود است یقین دارم. این علامت آن است که شک در موضوع به شک در محمول سرایت نمی‌کند و وجود در همه یکی است و معنای آن در موارد مختلف یکسان است و با تغییر کردن موضوع محمول تغییر نمی‌کند.
دليل سوم: وجود و عدم نقیض هم هستند. وجود و هستی چون موارد مختلف دارد در آن تشکیک شده است و سه قول در مورد آن وجود دارد ولی در مورد نیستی و عدم دیگر اختلاف و تمایز و دوگانگی وجود ندارد. معنا ندارد که یک نیست در اینجا باشد و یک نیست در جای دیگر.
حال که نیستی یک معنا دارد، وقتی هستی نقیض او شد، آن هم باید یک معنا بیشتر نداشته باشد. زیرا اگر هستی دو یا چند معنا داشت لازمه‌ی آن ارتفاع نقیضین می‌شد. به این بیان که در یک طرف عدم را لحاظ می‌کنیم و در طرف دیگر وجود را. اگر وجود دو چیز بود معنای اول وجود هر چه باشد چیزی است که موجود است و نقیض با عدم است. معنای دوم وجود هم هر چه باشد موجود است و نقیض با عدم می‌باشد. حال در مورد معنای اول وجود می‌توانیم بگوییم که عدم نیست در همان حال می‌توانیم بگوییم وجود نیست زیرا وجود به معنای دوم هم نیست (فرض این است که وجود آن غیر از وجود دوم است) بنا بر این معنای اول نه معدوم است و نه موجود و این همان ارتفاع نقیضین است. پس معنای وجود در همه‌ی مصادیق یکسان باید باشد.

الفصل الثاني في أن مفهوم الوجود مشترك معنوي يحمل الوجود على موضوعاته بمعنى واحد اشتراكا معنويا.
مفهوم وجود مشترک معنوی است و به یک معنا بر موضوعات مختلف حمل می‌شود.
ومن الدليل عليه: أنا نقسم الوجود إلى أقسامه المختلفة، كتقسيمه إلى وجود الواجب ووجود الممكن، وتقسيم وجود الممكن إلى وجود الجوهر ووجود العرض، ثم وجود الجوهر إلى أقسامه، (مانند جسم، عقل مجرد) ووجود العرض إلى أقسامه، (کم، کیف و غیره) ومن المعلوم أن التقسيم يتوقف في صحته على وحدة المقسم ووجوده في الأقسام.
دلیل اول بر اینکه وجود مشترک معنوی است این است که وجود را به اقسام مختلف تقسیم می‌کنیم. این تقسیمات علامت آن است که مقسَم در همه‌ی آنها یکی است و این مقسَم واحد در همه‌ی اقسام وجود داشته باشد و الا اگر در یک جا مقسَم وجود نداشت نباید آن قسم را جزء اقسام آن قرار داد.
ومن الدليل عليه: أنا ربما أثبتنا وجود شئ ثم ترددنا في خصوصية ذاته، كما لو أثبتنا للعالم صانعا ثم ترددنا في كونه واجبا أو ممكنا، وفي كونه ذا ماهية أو غير ذي ماهية، وكما لو أثبتنا للإنسان نفسا ثم شككنا في كونها مجردة أو مادية، وجوهرا أو عرضا، مع بقاء العلم بوجوده على ما كان، فلو لم يكن للوجود معنى واحد، بل كان مشتركا لفظيا متعددا معناه بتعدد موضوعاته، لتغير معناه بتغير موضوعاته بحسب الاعتقاد بالضرورة.
دلیل دوم این است که گاه وجود شیئی را از راه تجربه با برهان اثبات می‌کنیم. از راه تجربه به این معنا که از دور چیزی را می‌بینیم و از راه برهان به این گونه که ثابت می‌کنیم خداوند وجود دارد ولی شک داریم خصوصیتش چگونه است مثلا خداوند واجب است یا ممکن، قدرت عامه دارد یا نه، عالم است یا جاهل و هکذا. یا اینکه آیا آن صانع ماهیت دارد یا نه (آیا مانند انسان است که مثلا زید علاوه بر وجود، یک مفهومی دارد که از کیفیت آن هستی و حدود آن حکایت می‌کند که همان جسم حساس متحرک بالاراده ناطق است یا ماهیت ندارد؟)
همچنین با دلیل اثبات می‌کنیم که انسان نفس و روح دارد و بعد شک می‌کنیم که روح آن مجرد است یا مادی و آیا جوهر است یا عرض یعنی آیا وجودش مستقل است یا متکی به بدن می‌باشد و بر آن عرضه می‌شود. و در هر حال می‌دانیم روح دارد و روح آن وجود دارد. یعنی اول وجود چیزی را ثابت می‌کنیم و بعد در خصوصیات آن شک می‌کنیم بنا بر این هنگام این شک علم به اصل وجود آن تغییر نمی‌کند و این شک، موجب تغییر در آن علم نمی‌شود. این علامت آن است که اصل وجود در همه‌ی این تفاوت‌ها یکی است. اگر وجود معنای واحد نداشت و وجود مشترک لفظی بود و معنای آن به تعدد موضوعاتش متعدد بود در این حال معنای آن بر اثر تغییر در موضوعاتش بر حسب اعتقاد ما، تغییر می‌کرد. یعنی اگر اعتقاد ما بر این بود که روح مجرد است معنای وجود آن یک چیز خاصی می‌شد و اگر اعتقاد ما بر این بود که نفس مادی است معنای وجود آن تغییر می‌کرد و چیز دیگری می‌شد. و چون ما در همه‌ی این احتمالات شک داریم باید در اصل وجود هم شک می‌داشتیم و حال آنکه اصل وجود برای ما قطعی است.
ومن الدليل عليه: أن العدم يناقض الوجود، وله معنى واحد، إذ لا تمايز في العدم، فللوجود الذي هو نقيضه معنى واحد، وإلا ارتفع النقيضان، وهو محال.
دلیل سوم این است که عدم با وجود مناقض است. از طرفی عدم معنای واحدی دارد زیرا در عدم تمایز معنا ندارد. بنا بر این اگر قرار بود وجود که نقیض آن است معنای واحدی نداشته باشد لازمه‌اش این بود که ارتفاع نقیضین رخ دهد که محال است. زیرا در مورد هر یک از آن معانی می‌توان گفت که آن معدوم نیست و هکذا موجود به معنای دیگر هم نیست. پس نه معدوم است و نه موجود به معنای دیگر و این ارتفاع نقیضین است.