در این موضع مرحوم آخوند می‌فرمایند: حال که بحث به اینجا رسید خود مان برای علم اصول یک تعریفی ارائه کردیم که این تعریف ما نسبت به تعریف مشهور اولویت دارد.
ایشان در تعریف علم اصول می‌فرمایند: علم اصول یک فن و یک صناعتی است که به وسیله‌ی آن قواعدی را استفاده می‌کنیم که این قواعد ممکن است در طریق استنباط حکم شرعی قرار بگیرد یا این که مجتهد از آنها حکم شرعی را استنباط نمی‌کند اما در مقام عمل منتهی به این قواعد می‌شود که مراد همان اصول عملیه است.
بین تعریف آخوند و تعریف مشهور پنج فرق وجود دارد:
فرق اول: مشهور در تعرف خود علم به قواعد را ذکر کرده‌اند اما مرحوم آخوند در تعریف خود علم را ذکر نفرمودند، لزومی ندارد که کلمه‌ی علم ذکر شود زیرا ممکن علمی مدوّن شده باشد ولی هیچ کسی هم آن را فرا نگیرد. علم به قواعد و ابراز این قواعد دخیل در تعریف علم اصول نیست.
فرق دوم: مرحوم آخوند کلمه صناعت را ذکر کرده‌اند، صناعت ملازمه‌ی عادی با ملکه دارد به این معنا که علم اصول یک صناعتی است که برای انسان ملکه‌ای را در نفس انسان ایجاد می‌کند.
فرق سوم: این که تعبیر مشهور علم به قواعد است ولی آخوند می‌فرماید صناعتی است که به سبب آن قواعد شناخته می‌شود یعنی اصول یک فنی و یک صنعتی است که عالم اصولی به برکت آن صنعت می‌تواند یک سری قواعدی را خود ایجاد کند. مثلا فرض کنید اگر در گذشته علم اصول مجموعا بیست قاعده بوده ولی اکنون دویست قاعده شده است و شاید در آینده دیگر قواعد دیگری به آن اضافه شود.
فرق چهارم: که با فرق سوم ارتباط دارد اینکه در تعریف مشهور قواعد به قواعد ممهده مقید شده به این جهت که برخی از قواعد وجود دارند که بر ای استنباط احکام شرعیه کاربرد دارند ولی از ابتدا آن قواعد چنین غایتی برای آنها در نظر گرفته نشده است، مثل قواعد علم لغت چرا که هر فقیهی اگر بخواهد یک حکمی را استنباط کند نیاز به علم لغت دارد اما علم لغت و قواعدی که در علم لغت وجود دارد از اول ممهد برای استنباط نبوده است وحتی اگر علم اصول و علم فقه هم وجود نداشت می‌توانست علم لغت وجود داشته باشد. لذا مشهور برای اینکه چنین قواعد و مباحثی مثل علم لغت را خارج کنند قید ممهده را در تعریف خود ذکر فرمودند. لکن مرحوم آخوند این قید ممهده را نکرده است و به جای آن می‌گوید: علم اصول صناعت است و در این (واژه‌ی) صناعت، علم لغت (و هیچ علم دیگری) دخالت ندارد.
فرق پنجم: که عمده‌ی تفاوت همین فرق است این است که مرحوم آخوند می‌فرمایند که قواعد در علم اصول دو نوع است یک نوع قواعدی است که در طریق استنباط احکام شرعیه قرار می‌گیرد ونوع دوم آن قواعدی است که تلکلیف عملی مکلف را معین می‌کند. اگر شک داریم که (هذا حلال أو حرام) عملا می‌گوییم (هذا حلال) ویا اگر شیء ای قبلا نجس بوده و حال شک می‌کنیم نجس است یا خیر استصحاب نجاست می‌کنیم. خلاصه اینکه اصول عملیه اصولی است که برای ما منتج حکم شرعی نیستند بلکه تکلیف مکلف را در مقام عمل روشن می‌کنند و در رسائل خواندیم که زمانی مجتهد به سراغ اصول عملیه می‌رود که دست او از پیدا کردن حکم شرعی کوتاه شود و هرچه ادله را بررسی می‌کند حکمی را به دست نمی‌آورد و لذا پناه به اصول عملیه می‌برد. بنا براین فرق پنجم این است که در تعریف مشهور فقط قواعدی که به وسیله آن قواعد حکم شرعی کلی استنباط می‌شود ذکر شده است اما مرحوم آخوند این قید را اضافه کرده است: قواعدی که مجتهد در مقام عمل به آنها منتهی می‌شود.
در توضیح مطلب مرحوم آخوند می‌فرمایند که دو بحث در علم اصول وجود دارد که این دو بحث چه بسا ثلث مباحث علم اصول را شامل می‌شوند و این دو بحث در تعریف مشهور نمی‌گنجند و باید طبق تعریف مشهور ملتزم شویم به اینکه این دو بحث استطرادی است در حالی که التزام به اینکه دو بحثی که ثلث علم اصول را تشکیل می‌دهند استطرادی باشد کار آسانی نیست، و آن دو بحث عبارتند از: اول حجیت ظن انسدادی بنابر حکومت و دوم اصول عملیه‌ای که در شبهات حکمیه جاری می‌شوند.
توضیح این که در باب انسداد وقتی به دلیل انسداد می‌رسیم می‌گوییم دلیل انسداد یک مقدماتی دارد مثل انسداد باب علم به احکام شرعیه فی زمان حاضر، احتیاط در جمیع امور مستلزم عسر و حرج است و سپس نتیجه می‌گیریم که لازم نیست برای عمل به یک حکم شرعی علم به آن پیدا کنیم و اگر ظن به آن هم پیدا کردیم این ظن حجیت دارد. لکن اختلافی بین انسدادی‌ها وجود دارد و آن این که آیا نتجیه‌ی دلیل انسداد کشف است یا حکومت؟ مقصود از کشف این است که بعضی می‌گویند نتیجه دلیل انسداد این است که عقل کشف می‌کند که شارع، ظن را (در زمان ما) حجت قرار داده است. در مقابل برخی می‌گویند: نتیجه دلیل انسداد کاشفیت نیست بلکه نتیجه دلیل انسداد حکومت است. برای حکومت دو معنا ذکرشده است، اول اینکه حکومت یعنی عقل حکم به حجیت ظن می‌کند و معنای دوم: حکومت یعنی عقل حکم می‌کند که امتثال ظنی کافی است، توضیح معنای دوم این است که در مقدمات دلیل انسداد بعد از اینکه در مقدمه اول می‌گوییم باب علم و باب علمی به احکام هر دو منسد است و در مقدمه دوم می‌گوییم مجتهد نسبت به یک حکم شرعی یا قطع به آن حکم شرعی دارد، یا ظن، یا شک و یا وهم نسبت به آن حکم شرعی پیدا می‌کند (وهم یعنی ده درصد احتمال آن حکم را می‌دهد). اگر مجتهدی بخواهد احتیاط کند باید در همه‌ی این چهار مورد به حکم شرعی عمل کند. اما عقل می‌گوید چنین احتیاطی مستلزم اخلال به نظام و مستلزم هرج و مرج است و یا مستلزم حرج است. مثلا اگراحتمال بدهیم که هر شخصی که در بیمارستان است وظیفه ما کمک به اوست و هرکسی که فقیر باشد باید به او کمک شود حتی در مواردی که به صورت احتمال است این مستلزم حرج است، حال که مستلزم حرج شد عقل می‌گوید که موهوم الحکم را کنار بگذاریم، اما آن جایی که حکمی مشکوک است یا ظن به حکم داریم آن را امتثال کنیم که از آن به حکم عقل به کفایت امتثال ظنی تعبیر می‌کنند.
مرحوم آخوند می‌فرماید طبق تعریف مشهور ظن انسدادی بنابر حکومت هم به معنای اول و هم به معنای دوم از علم اصول خارج است. معنای اول حکومت این بود که عقل حکم به حجیت ظن می‌کند در حالی که تعریف مشهور این بود که علم اصول علم به قواعدی است که برای استنباط احکام شرعیه آماده شده‌اند، پس چون در تفسیر اول حکم عقلی مطرح است از مباحث علم اصول خارج می‌شود. (به عبارت دیگر طبق این تفسیر عقل قاعده‌ای برای استنباط حکم شرعی برای ما مهیا نکرد بلکه صرفا حکم کرد که به ظن باید عمل شود)
اما در تفسیر دوم حکومت، عقل حکمی ندارد بلکه می‌گوید امتثال ظنی کفایت می‌کند و امتثال امر متأخر از حکم شرعی است یعنی ابتدا باید حکمی وجود داشته باشد تا در مرحله متأخره آن حکم را امتثال کنیم و لذا حجیت ظن انسدادی طبق این معنا نیز از تعریف مشهور خارج است.
مورد دوم که از تعریف مشهور خارج است اصول عملیه‌ی جاریه در شبهات حکمیه است. خلافی بین علما از این جهت نیست که اصول عملیه‌ای که در شبهات موضوعیه جاری است داخل در مسائل علم فقه است، اما اصولی که در شبهات حکمیه (مثل شک در حرمت شرب تتن) جاری می‌شود داخل در علم اصول است اما مرحوم آخوند می‌فرمایند طبق تعریف مشهور این اصول نیز از علم اصول خارج است.
اصول عملیه در شبهات حکمیه دو نوع است که در رسائل به خوبی بیان شده است، یکی اصول عملیه عقلیه و دیگری اصول عملیه شرعیه. اصول عملیه عقلیه مثل برائت عقلی و احتیاط عقلی. به عنوان مثال اگر در مورد حلیت و حرمت شیء ای شک کردیم، عقل طبق قاعده‌ی قبح عقاب بلا بیان جواز ارتکاب آن را برای ما صادر می‌کند ولکن اصول عملیه عقلیه هیچ خاصیتی جز معذریّت و منجزیّت ندارند یعنی اگر در همین مورد مشکوک مرتکب شدیم برائت عقلیه فقط برای ما معذریت می‌آورد به این معنا که اگر واقعا حرام بود خداوند باید بیان می‌کرد و چون بیان نکرده در پیشگاه خدا معذوریم. به عبارت دیگر در اصول عملیه‌ی عقلیه اصلا حکم نداریم (نه عقلا و نه شرعا) فقط در مقام عمل یک معذریت و منجزیت برای ما وجود دارد.
در اصول عملیه‌ی شرعیه دو مبنا وجود دارد یک مبنا مبنای مشهور است که می‌گویند برائت شرعیه یا استصحاب شرعی خود دلیل حکم نیستند بلکه فقط همان معذریت و منجزیت دارند. در مقابل مشهور خود مرحوم آخوند و بعضی دیگر می‌گویند در اصول عملیه‌ی شرعیه، جعل حکم مماثل می‌شود، یعنی وقتی استصحاب می‌گوید نماز جمعه چون در زمان حضور واجب بوده در زمان غیبت هم واجب است، شارع به وسیله‌ی این استصحاب یک حکمی مساوی با مضمون همین استصحاب جعل کرده است.
بنابراین طبق نظریه مشهور که مشخص است که اصول عملیه‌ی شرعیه از تعریف علم اصول خارج است چون این اصول حکمی برای ما به ارمغان نمی‌آورند. اما بنابر نظر خود آخوند هم خارج این اصول خارج از تعریف مشهور هستند چرا که مشهور در تعریف گفته‌اند که اصول یک قواعدی است که به وسیله آن قواعد حکم شرعی اسنتباط می‌شود و ما در استنباط مستنبط و مستنبط منه داریم باید مثلا صغری و کبری را مستنبط منه می‌گویند و نتیجه را مستنبط می‌نامند، در حالی که اصول عملیه شرعیه طبق نظریه آخوند جعل حکم مماثل است و مدلول آنها مساوق حکم شرعی است. یعنی ما برائت شرعیه را مقدمه برای استنباط قرار نمی‌دهیم بلکه خودش عین حکم شرعی است.
