با توجه به متن بدایه، اولین مطلبی که مرحوم علامه مطرح می‌کند، موضوع فلسفه است؛
البته نسبت به اینکه باید موضوع معنون به عنوان خاصی باشد، بعضی مثل مرحوم آخوند قائل شده است که لازم نیست عنوان خاصی برای آن بیان کرد و فقط می‌توان آثار آن را بیان کرد؛ اما مرحوم علامه در این کتاب قائل است که فلسفه موضوعی دارد و آن معنون به عنوان خاصی است که عبارت باشد از «موجود بما هو موجود» یعنی از موجود از آن جهت که هست، نه از آن جهت که تعین و تشخص به چیزی داشته باشد.
اما توضیح این سخن که مراد از موجود بما هو موجود که عبارت است از وجود مطلق، چیست، گفته می‌شود موجود بما هو موجود یعنی بحث در باره هستی از آن جهت که هست نه از آن جهت که تعین و تشخصی در ضمن یک مصداق مشخصی دارد، مثلا اگر با یک قلم واقعیت‌هایی که در اطراف وجود دارد، نوشته شود و نسبت به هر یک از آنها یک قضیه هلیه بسیطه تشکیل داده شود، اینچنین می‌شود، کتاب موجود است، قلم موجود است، میز موجود است، در موجود است و.... بعد وقتی به این قضایا توجه شود یک عنصر مشترکی در همه قضایا وجود دارد که محمولی به نام موجود می‌باشد. حالا اگر به همین موجود بدون لحاظ ارتباط آن با موضوع آن توجه شود، همان موجود بما هو موجود ملاحظه شده است. پس معلوم می‌شود که به موضوعات مختلف کاری نداریم و فقط به صرف بودن و هستی آنها نگاه می‌کنیم.
پس تا به حال سه عبارت برای تعریف موضوع فلسفه بیان شد:
۱ـ موجود بما هو موجود
۲ـ هستی از آن جهت که هست (که در ترجمه همان عبارت اول است.)
۳ـ وجود مطلق.
وجود مطلق یعنی وجود مقید به قید اطلاق، یعنی به شرط اینکه مطلق باشد یعنی تعین و تشخص به مصداق خاصی نکرده باشد.
بنابر این اگر موضوع فسلفه وجود مطلق است، مطلق وجود موضوع فلسفه نیست، چون مطلق وجود مفهومی لابشرط است، چون معنای مطلق وجود این است که یعنی در فلسفه از همین وجودات با تشخصات آنها بحث شود، و حال آن که بررسی تشخصات موجودات ارتباطی به فلسفه ندارد.
در اینجا مرحوم علامه یک پرانتزی باز می‌کند که ارتباطی به موضوع فلسفه ندارد، که عبارت است از بیان یک قانون در تشخیص موضوع علم، ـ که آن علم یا علم حقیقی (یعنی علمی که از امور واقعی حکایت می‌کنند مثل فیزیک، شیمی) یا قراردادای و اعتباری (یعنی علمی که از امور اعتباری و قراردی حکایت می‌کند مثل علم نحو) باشد. ـ و آن بررسی عوارض ذاتیه آن موضوع. و عوارض یعنی محمولات و ذاتیه یعنی چه، بین قوم اختلاف نظر است که طبق مختار ما این است که یعنی محمولاتی که بدون واسطه در عروض بر موضوعاتشان بار می‌شوند.
محمولاتی که بر موضوعاتشان بار می‌شوند چهار قسم اند:
۱ـ یک عده‌ای از محمولات بر موضوع با واسطه در عروض بار می‌شوند، یعنی در جایی است که محمول حقیقتا از آن موضوع نیست بلکه محمول متعلق به یک واسطه است که آن سبب می‌شود که بتوان محمول را اسناد به موضوع داد، مثل المیزاب جارٍ. که محمول (جریان) حمل می‌شود بر موضوع به واسطه «ماء». که جریان پیدا کردن با توجه با ارتباط آن با آب و ارتباط آب با میزاب، صحت اسناد جریان به میزاب را درست کرده است. پس ماء واسطه در حمل جریان بر میزاب است.
۲ـ یک عده از محمولات با واسطه در ثبوت بر موضوع بار می‌شوند. یعنی واسطه‌ای که سبب می‌شود حقیقتا محمول، در موضوع تحقق پیدا کند، یعنی نه تنها خود واسطه محمول را دارد، بلکه سبب می‌شود این محمول حقیقتا در موضوع محقق شود، مثل الماء حار، که حار بدون هیچ واسطه‌ای نمی‌تواند بر آب حمل شود، بلکه یک واسطه وجود دارد، و آن وجود شیء گرما دهنده برای آب است، مثل آتش، تا صحیح بشود که حار بر این آب حمل شود. و البته وقتی آتش آمد باعث می‌شود که این اب حقیقتا حار بر آن بار شود. پس واسطه در ثبوت حمل حار بر الماء، آب است.
۳ـ یک عده دیگری از محمولات با واسطه در اثبات بر موضوع بار می‌شوند. یعنی عبارت است از حد اوسط در قیاس، مثلا العالم حادث، این سخن در صورتی صحیح است که واسطه‌ای در این بین باشد تا بتوان حادث را بر العالم بار کرد و آن واسطه مفهومی است به نام «تغیّر» که این تغیر از اینچنین قیاسی بدست آمده است: «العالم متغیر» «و کل متغیر حادث» «فالعالم حادث». پس تغیر واسط در اثبات حدوث بر عالم شد.
۴ـ محمولاتی که بدون هیچ واسطه‌ای (از سه نوع واسطه‌ای که بیان شد) بر موضوع بار می‌شوند. مثل الأربعه زوج.
حال ملاک در اینکه یک محمولی ذاتی باشد، این است که باید واسطه در عروض نداشته باشد، که دو قسم را شامل می‌شود: قسم چهارم که اصلا واسطه‌ای نیست و قسم دوم که واسطه در ثبوت است.
